Patapon 3 começa diretamente onde o jogo anterior terminou. Os Patapons terminam a Ponte do Arco-Íris e atravessaram o rio para uma nova terra, onde encontram uma grande caixa misteriosa. Apesar das advertências de Meden, os Patapons abriram a caixa, então os Sete Mal Archfiends saíram e petrificaram todos, exceto o portador da bandeira, Hatapon. Uma nova tribo, a Brigada Bonedeth, está determinada a derrotar os Patapons. Até mesmo os Akumapons do jogo anterior são encontrados mais tarde no jogo. No entanto, a esperança está longe de ser perdida, pois dentro da caixa não estavam apenas os Sete Archfiends, mas também Silver Hoshipon, que encontrou o Todo Poderoso e se ofereceu para ajudar a restaurar alguns dos Patapons de volta à vida. O primeiro Patapon Silver Hoshipon restaurado foi o herói, fundindo-o com o Todo-Poderoso e, assim, transformando-o em Uberhero (essencialmente, uma versão mais forte do herói),
Juntos, eles encontraram Hatapon e, depois de usar o tambor Pon junto com Hatapon, o Uberhero aprende como usá-los. Eles também restauraram três outros Patapons, Ton Yarida, Chin Taterazay e Kan Yumiyacha, formando o Trifecta e trouxeram o Meden petrificado junto com eles para o seu novo Esconderijo, onde eles (e o jogador) são então apresentados às novas lojas, quartéis, o Herogate e o resto dos novos recursos. O Uberhero e o Trifecta atravessam os covis dos Sete Archfiends, a saber, Valor, Pureza, Justiça, Confiabilidade, Restrição, Adamance e Tolerância, com os chefes Dodonga, Gaeen, Kanogias, Shookle, Cioking, Dettankarmen e Arch Pandara. Depois de derrotar Arch Pandara, o Trifecta com Hatapon marcha através de Earthend, enquanto Uberhero dorme profundamente. Ao todo, os Patapons finalmente encontraram o Earthend e olharam para ele.
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